依托研究所建有國家家禽工程技術(shù)研究中心（上海）、國家防治動物血吸蟲病專業(yè)實驗室、農(nóng)業(yè)部動物寄生蟲學(xué)重點開放實驗室和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院獸藥安全評價與獸藥殘留研究重點開放實驗室，是中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院與上海市人民政府合作共建的上海國家動物醫(yī)學(xué)研究中心的依托單位，是中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會獸醫(yī)公共衛(wèi)生學(xué)分會、農(nóng)業(yè)部血防專家咨詢委員會的掛靠單位。1981年研究所被國務(wù)院學(xué)位委員會批準為首批碩士學(xué)位培養(yǎng)點，1984年被批準為博士學(xué)位培養(yǎng)點，1999年建立博士后流動站，為國家培養(yǎng)高級農(nóng)業(yè)科技專業(yè)人才。2013年10月正式加入中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程，經(jīng)過兩年建設(shè)目前共設(shè)立有動物血吸蟲病研究、動物原蟲病研究、豬病毒性繁殖障礙綜合癥研究、豬呼吸道傳染病研究、水禽病毒性疾病研究、獸用抗感染藥物研究、畜禽細菌性傳染病研究、動物流感病原生態(tài)學(xué)研究、食源性病原生物學(xué)與食品安全研究、小型動物疫病研究十個研究方向。
研究所的主要研究領(lǐng)域是動物傳染病、動物寄生蟲病和獸用藥物。目標是針對嚴重危害畜牧業(yè)生產(chǎn)的畜禽疫病和人畜共患病，開展前瞻性、關(guān)鍵性的預(yù)防控制技術(shù)及其基礎(chǔ)理論研究。主要方向任務(wù)是：以危害嚴重的豬、禽傳染病、動物寄生蟲病、人畜共患病和獸用藥物等為研究對象，開展病原生物學(xué)、分子流行病學(xué)、病原感染致病與免疫機制、診斷及防控技術(shù)等基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究；研制開發(fā)安全高效的新型動物疫苗、治療藥物和新制劑、快速簡便的疫病診斷技術(shù)及制劑，為畜牧業(yè)健康發(fā)展和人類健康提供科技支撐。
建所以來獲各項科研成果獎勵61項，其中國家級2項；獲得國家發(fā)明專利66項；獲得國家新獸藥證書10項；出版專著53部，發(fā)表論文1900余篇?！稗r(nóng)業(yè)血防綜合治理新技術(shù)”榮獲寄生蟲領(lǐng)域第一個國家科技進步獎；研制成功的抗錐蟲新藥“鹽酸錐雙凈”獲國家一類新獸藥證書；抗球蟲新藥“地克珠利”原料藥及預(yù)混劑共獲得3項國家二類新獸藥證書，并榮獲國家科技進步三等獎；“球蟲病免疫預(yù)防苗（DLV疫苗）”為國內(nèi)第一個獲新獸藥證書的球蟲病免疫預(yù)防疫苗。
研究所連續(xù)四屆被衛(wèi)生部、農(nóng)業(yè)部、水利部授予全國血防先進集體稱號，是歷屆上海市文明單位和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院文明單位。研究所將繼續(xù)追蹤國際動物醫(yī)學(xué)發(fā)展前沿，加強科技創(chuàng)新，不斷增強綜合實力，加快建成國內(nèi)一流、國際知名的現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科研院所，為推動我國動物醫(yī)學(xué)科技進步作出新的更大貢獻。
